2010年7月30日 星期五
[Drug] 3 different biological action of a drug
There are 3 different biological action of a drug assessed in this study:
(1) GI50: inhibition of cell growth (the concentration needed to reduce the growth of treated cells to half that of untreated cells). 細胞 50%生長抑制所需的藥物濃度.
(2) TGI: total growth inhibition (the concentration required to completely halt the growth of treated cells).
(3) LD50: lethal dose, LD50 is the amount of a material, given all at once, which causes the death of 50% (one half) of a group of test animals.
(4) LC50: lethal concentration (the concentration that kills 50% of treated cells), LC values usually refer to the concentration.
Ref: http://cancer.bioinfo.pl/
DTP: GI50, TGI, LC50
Ref: http://dtp.nci.nih.gov/branches/btb/ivclsp.html
Supplement:
IC50 (concentration of 50 % inhibition) : 抑制率50％時候藥物的濃度. 如某一藥物能夠抑制某酵素的活性，當酵素的活性下降一半時，此時所加的藥物濃度即為 IC50.
EC50 (concentration of 50 % Effect) : 半效應濃度
IC50和EC50不同的地方，IC50主要顯示的是藥物的抑制能力，EC50主要顯示的是藥物效果.
2010年7月29日 星期四
2010年7月28日 星期三
本山語錄
1、幹掉熊貓，我就是國寶！
2、別和我談理想，戒了！
3、跌倒了，爬起來再哭~~~
4、低調！才是最牛B的炫耀！！
5、不吃飽哪有力氣減肥啊？
7、我能抵抗一切，除了誘惑……
8、老子不但有車，還是自行的……
9、點的是煙、抽的卻是寂寞……
10、不是你不笑，一笑粉就掉！
12、綁不住我的心就不要說我花心！
14、活著的時候開心點，因為我們要死很久。
15、請你以後不要在我面前說英文了，OK？
16、我這人從不記仇，一般有仇當場我就報了。
19、我那麼喜歡你，你喜歡我一下會死啊?
20、我又不是人民幣，怎麼能讓人人都喜歡我？
21、男人的話就像老太太的牙齒，有多少是真的？！
22、問：你喜歡我哪一點？答：我喜歡你離我遠一點！
23、執子之手，方知子醜，淚流滿面，子不走我走。
24、諸葛亮出山前，也沒帶過兵！憑啥我就要工作經驗？
27、師太，你是我心中的魔，貧僧離你越近，就離佛越遠……
28、初中的體育老師說：誰敢再穿裙子上我的課，就罰她倒立。
29、你看得見我打在螢幕上的字，卻看不到我掉在鍵盤上的淚！
30、自己選擇45° 仰視別人，就休怪他人135°俯視著看你。
31、如果你看到面前的陰影，別怕，那是因為你的背後有陽光！
32、我允許你走進我的世界，但絕不允許你在我的世界裏走來走去。
33、人永遠不知道誰哪次不經意的跟你說了再見之後就真的再也不見了。
34、一分鐘有多長？這要看你是蹲在廁所裏面，還是等在廁所外面……
35、愛，就大聲說出來，因為你永遠都不會知道，明天和意外，哪個會先來！
36、石頭記告訴我們：凡是真心愛的最後都散了，凡是混搭的最後都團圓了。
37、你永遠看不到我最寂寞的時候，因為在看不到你的時候就是我最寂寞的時候！
38、等餘震的心情，就像初戀的少女等情人，既怕他不來，又怕他亂來。
39、聽說女人如衣服，兄弟如手足，回想起來，我竟然七手八腳地裸奔了二十多年！
40、今天心情不好，我只有四句話想說，包括這句和前面的兩句，我的話說完了！
41、鐵飯碗的真實含義不是在一個地方吃一輩子飯，而是一輩子到哪兒都有飯吃。
43、如果中了一千萬，我就去買30套房子租給別人，每天都去收一次房租。哇哢哢~~充實！
45、"戀"是個很強悍的字。它的上半部取自“變態"的“變"，下半部取自“變態"的“態"。
49、同志們：別炒股，風險太大了，還是做豆腐最安全！做硬了是豆腐乾，做稀了是豆腐腦，做薄了是豆腐皮，做沒了是豆漿，放臭了是臭豆腐！穩賺不虧呀！
2、別和我談理想，戒了！
3、跌倒了，爬起來再哭~~~
4、低調！才是最牛B的炫耀！！
5、不吃飽哪有力氣減肥啊？
7、我能抵抗一切，除了誘惑……
8、老子不但有車，還是自行的……
9、點的是煙、抽的卻是寂寞……
10、不是你不笑，一笑粉就掉！
12、綁不住我的心就不要說我花心！
14、活著的時候開心點，因為我們要死很久。
15、請你以後不要在我面前說英文了，OK？
16、我這人從不記仇，一般有仇當場我就報了。
19、我那麼喜歡你，你喜歡我一下會死啊?
20、我又不是人民幣，怎麼能讓人人都喜歡我？
21、男人的話就像老太太的牙齒，有多少是真的？！
22、問：你喜歡我哪一點？答：我喜歡你離我遠一點！
23、執子之手，方知子醜，淚流滿面，子不走我走。
24、諸葛亮出山前，也沒帶過兵！憑啥我就要工作經驗？
27、師太，你是我心中的魔，貧僧離你越近，就離佛越遠……
28、初中的體育老師說：誰敢再穿裙子上我的課，就罰她倒立。
29、你看得見我打在螢幕上的字，卻看不到我掉在鍵盤上的淚！
30、自己選擇45° 仰視別人，就休怪他人135°俯視著看你。
31、如果你看到面前的陰影，別怕，那是因為你的背後有陽光！
32、我允許你走進我的世界，但絕不允許你在我的世界裏走來走去。
33、人永遠不知道誰哪次不經意的跟你說了再見之後就真的再也不見了。
34、一分鐘有多長？這要看你是蹲在廁所裏面，還是等在廁所外面……
35、愛，就大聲說出來，因為你永遠都不會知道，明天和意外，哪個會先來！
36、石頭記告訴我們：凡是真心愛的最後都散了，凡是混搭的最後都團圓了。
37、你永遠看不到我最寂寞的時候，因為在看不到你的時候就是我最寂寞的時候！
38、等餘震的心情，就像初戀的少女等情人，既怕他不來，又怕他亂來。
39、聽說女人如衣服，兄弟如手足，回想起來，我竟然七手八腳地裸奔了二十多年！
40、今天心情不好，我只有四句話想說，包括這句和前面的兩句，我的話說完了！
41、鐵飯碗的真實含義不是在一個地方吃一輩子飯，而是一輩子到哪兒都有飯吃。
43、如果中了一千萬，我就去買30套房子租給別人，每天都去收一次房租。哇哢哢~~充實！
45、"戀"是個很強悍的字。它的上半部取自“變態"的“變"，下半部取自“變態"的“態"。
49、同志們：別炒股，風險太大了，還是做豆腐最安全！做硬了是豆腐乾，做稀了是豆腐腦，做薄了是豆腐皮，做沒了是豆漿，放臭了是臭豆腐！穩賺不虧呀！
2010年7月16日 星期五
[R]圖形配置
#heatmap(output, scale="none", col=grcol, zlim=range(c(-1,1)))
加上 zlim=range(c(-1,1)) 可以固定色帶範圍
待續...
png( paste( paste("u133_Normaldrug_", eachname[i], sep=""), ".png" ,sep="") , width=4800, height=4800, res=288, pointsize=9)
par(mfcol=c(1,2), mfg=c(1,1), mai=rep(0,4), omi=rep(0,4), fig=c(0,1,0,1))
heatmap(GroupData, scale="none", col = c("green","black","red"))
par(mfcol=c(1,2), mfg=c(1,2), mai=rep(0,4), fig=c(0,1,0,1), omi=rep(0,4))
plot(0,0, type="n", xlim=c(0,100), ylim=c(0,100), xaxs="i", yaxs="i", axes=F, ann=F,
frame.plot=F) # xaxs="r" 留坐標軸邊, "i" 不留
legend(0, 90, paste("Group-", eachname[i], sep="") , bty="n")
dev.off();
加上 zlim=range(c(-1,1)) 可以固定色帶範圍
待續...
png( paste( paste("u133_Normaldrug_", eachname[i], sep=""), ".png" ,sep="") , width=4800, height=4800, res=288, pointsize=9)
par(mfcol=c(1,2), mfg=c(1,1), mai=rep(0,4), omi=rep(0,4), fig=c(0,1,0,1))
heatmap(GroupData, scale="none", col = c("green","black","red"))
par(mfcol=c(1,2), mfg=c(1,2), mai=rep(0,4), fig=c(0,1,0,1), omi=rep(0,4))
plot(0,0, type="n", xlim=c(0,100), ylim=c(0,100), xaxs="i", yaxs="i", axes=F, ann=F,
frame.plot=F) # xaxs="r" 留坐標軸邊, "i" 不留
legend(0, 90, paste("Group-", eachname[i], sep="") , bty="n")
dev.off();
2010年7月12日 星期一
[R]基本運算
本篇是因,忘了如何用R取餘數所產生的:
冪運算 ^
整數商 %/%
餘數 %%
sqrt ： 開平方函數
abs ： 絕對值函數
exp ： 2.71828…
expm1 ： 當x的絕對值比1小很多的時候，它將能更加正確的計算exp(x)-1
log ： 對數函數
log10： 對數（底為10）函數
log2 ： 對數（底為2）函數
sin ->正弦函數
cos ->餘弦函數
tan ->正切函數
asin ->反正弦函數
acos ->反餘弦函數
atan ->反正切函數
sinh ->超越正弦函數
cosh ->超越餘弦函數
tanh ->超越正切函數
asinh ->反超越正弦函數
acosh ->反超越餘弦函數
atanh ->反超越正切函數
logb ： 和log函數一樣
llog1px ： 當x的絕對值比1小很多的時候，它將能更加正確的計算log(1+x)
gamma ： Γ函數（伽瑪函數）
lgamma ： 等同於log(gamma(x))
ceiling ： 返回大於或等於所給數字表達式的最小整數
floor ： 返回小於或等於所給數字表達式的最大整數
trunc ： 截取整數部分
round ： 四捨五入
signif(x,a) ： 數據截取函數x：有效位a：到a位為止
環境設置函數options()
用options()命令可以設置一些環境變量。
比如說：
options(digits=10) 這個命令，可以把R的整數表示能力設為10位。
options(warn=-1)
這個命令，可以忽視任何警告。（warn=1時，為不放過任何警告）
如何改變工作目錄
可以用getwd()命令來查看當前目錄，也可以用類似setwd(”c:/usr”)的命令來更改當前的目錄。
還可以用dir()命令來查看當前目錄裡的文件。
冪運算 ^
整數商 %/%
餘數 %%
sqrt ： 開平方函數
abs ： 絕對值函數
exp ： 2.71828…
expm1 ： 當x的絕對值比1小很多的時候，它將能更加正確的計算exp(x)-1
log ： 對數函數
log10： 對數（底為10）函數
log2 ： 對數（底為2）函數
sin ->正弦函數
cos ->餘弦函數
tan ->正切函數
asin ->反正弦函數
acos ->反餘弦函數
atan ->反正切函數
sinh ->超越正弦函數
cosh ->超越餘弦函數
tanh ->超越正切函數
asinh ->反超越正弦函數
acosh ->反超越餘弦函數
atanh ->反超越正切函數
logb ： 和log函數一樣
llog1px ： 當x的絕對值比1小很多的時候，它將能更加正確的計算log(1+x)
gamma ： Γ函數（伽瑪函數）
lgamma ： 等同於log(gamma(x))
ceiling ： 返回大於或等於所給數字表達式的最小整數
floor ： 返回小於或等於所給數字表達式的最大整數
trunc ： 截取整數部分
round ： 四捨五入
signif(x,a) ： 數據截取函數x：有效位a：到a位為止
環境設置函數options()
用options()命令可以設置一些環境變量。
比如說：
options(digits=10) 這個命令，可以把R的整數表示能力設為10位。
options(warn=-1)
這個命令，可以忽視任何警告。（warn=1時，為不放過任何警告）
如何改變工作目錄
可以用getwd()命令來查看當前目錄，也可以用類似setwd(”c:/usr”)的命令來更改當前的目錄。
還可以用dir()命令來查看當前目錄裡的文件。
2010年7月8日 星期四
[SQL]新增欄位資料
合併兩欄資料
SELECT CONCAT(StrA, '-', EndA) FROM urgan
將CONCAT資料 新增到欄位中
SELECT CONCAT(StrA, '-', EndA) FROM urgan
將CONCAT資料 新增到欄位中
ALTER TABLE table_nameRef: http://webdesign.kerthis.com/sql/
ADD column_name datatype
UPDAT table_name
set column_name = CONCAT(StrA, '-', EndA)
2010年7月2日 星期五
[SQL]交集Intersection
Q: Table1 和 Table2 的交集
SELECT t1.Chen FROM `sixtable` As t1, `sixtable` As t2 WHERE t1.Chen = t2.ChenSL1
Q: Table1, Table2和 Table3 的交集
SELECT t1.Chen FROM `sixtable` As t1, `sixtable` As t2 ,`sixtable` As t3 WHERE t1.Chen = t2.ChenSL1 and t1.Chen = t3.ChenSL2
以此類推...
SELECT t1.Chen FROM `sixtable` As t1, `sixtable` As t2 WHERE t1.Chen = t2.ChenSL1
Q: Table1, Table2和 Table3 的交集
SELECT t1.Chen FROM `sixtable` As t1, `sixtable` As t2 ,`sixtable` As t3 WHERE t1.Chen = t2.ChenSL1 and t1.Chen = t3.ChenSL2
以此類推...
[PHP]檔案太大無法匯入phpMyAdmin
(1) 修改php.ini法:
打開php.ini後，修改以下幾行:
max_execution_time = 600 (這裡可用預設或自行修改)
max_input_time = 600 (這裡可用預設或自行修改)
memory_limit = 128M (這裡可用預設或自行修改)
post_max_size = 72M (改成希望可上傳的容量)
upload_max_filesize = 64M (改成改成希望可上傳的容量)
重點是:
這三個數值的大小，必須是 memory_limit > post_max_size > upload_max_filesize
修改後存檔，重新 restart Apache，即可進入phpmyadmin的介面上傳大資料檔了！
(2)使用BigDump這個第三方服務來協助匯入超大檔案
修改bigdump.php
$db_server = ‘MySql所在位置的主機IP‘ ;
$db_name = ‘資料庫名稱’;
$db_username = ‘該資料庫的owner帳號名稱’;
$db_password = ‘owner的密碼’;
$linespersession = 3000; #(每次寫入的資料數量，內定值是3000筆)
$delaypersession = 0; #(每次寫入資料的間隔時間，預設為0也就是無間隔，若你擔心主機負荷過重出現問題，則可以自訂間隔時間，例如1秒就是1000，5秒就是5000)
$db_connection_charset = "; #(指定資料庫的編碼方式，若不輸入則使用系統預設，以大部分WP的用戶來說，都是使用utf-8)
(3)修改phpMyAdmin資料夾中的config.inc.php檔
打開後找到下列兩行或自行加入：
$cfg['UploadDir'] = 'ImportSQLFile'; ←上傳資料夾的名稱
$cfg['SaveDir'] = 'ExportSQLFile'; ←匯出資料夾的名稱
然後在phpmyadmin中建立ImportSQLFile與ExportSQLFile資料夾，
一個用來上傳大容量的sql檔，一個用來匯出sql檔。
把需要匯入的大容量sql檔以winscp上傳到ImportSQLFile資料夾中，
再回到phpmyadmin載入介面，就會發現在載入檔案的地方多出web server upload directory的功能。此時僅需要選擇剛剛傳進去的SQL檔就可以輕鬆匯入了！
打開php.ini後，修改以下幾行:
max_execution_time = 600 (這裡可用預設或自行修改)
max_input_time = 600 (這裡可用預設或自行修改)
memory_limit = 128M (這裡可用預設或自行修改)
post_max_size = 72M (改成希望可上傳的容量)
upload_max_filesize = 64M (改成改成希望可上傳的容量)
重點是:
這三個數值的大小，必須是 memory_limit > post_max_size > upload_max_filesize
修改後存檔，重新 restart Apache，即可進入phpmyadmin的介面上傳大資料檔了！
(2)使用BigDump這個第三方服務來協助匯入超大檔案
修改bigdump.php
$db_server = ‘MySql所在位置的主機IP‘ ;
$db_name = ‘資料庫名稱’;
$db_username = ‘該資料庫的owner帳號名稱’;
$db_password = ‘owner的密碼’;
$linespersession = 3000; #(每次寫入的資料數量，內定值是3000筆)
$delaypersession = 0; #(每次寫入資料的間隔時間，預設為0也就是無間隔，若你擔心主機負荷過重出現問題，則可以自訂間隔時間，例如1秒就是1000，5秒就是5000)
$db_connection_charset = "; #(指定資料庫的編碼方式，若不輸入則使用系統預設，以大部分WP的用戶來說，都是使用utf-8)
(3)修改phpMyAdmin資料夾中的config.inc.php檔
打開後找到下列兩行或自行加入：
$cfg['UploadDir'] = 'ImportSQLFile'; ←上傳資料夾的名稱
$cfg['SaveDir'] = 'ExportSQLFile'; ←匯出資料夾的名稱
然後在phpmyadmin中建立ImportSQLFile與ExportSQLFile資料夾，
一個用來上傳大容量的sql檔，一個用來匯出sql檔。
把需要匯入的大容量sql檔以winscp上傳到ImportSQLFile資料夾中，
再回到phpmyadmin載入介面，就會發現在載入檔案的地方多出web server upload directory的功能。此時僅需要選擇剛剛傳進去的SQL檔就可以輕鬆匯入了！
2010年7月1日 星期四
[NGS] Genome Analyzer (Solexa)
Technology Overview:
1.將碎裂後的DNA的片段(～250bp)，兩端接上 adapter
2.調整濃度後，倒在表面接有OLIGO的載體上，DNA片段會隨機的黏附載體上，如果濃度得宜，一條一條的DNA會自然的分散固定在載體上
3.因DNA可以自由彎曲，所以就由固定的一端，四處碰撞直到另一端有黏到週邊的OLIGO上。
4.接下來進行合成，新的DNA會從另一端的OLIGO上合成長出來，而這個新的DNA因為Oligo 的關係，會被固定在載體上
5.Denature 雙股DNA，然後，就由一條變成兩條序列互補的DNA了。
6.幾個循環後，原來單小分子的片段，週圍就會形成一個同一序列，相互分離的叢集，一次解決分子放大及分離的兩個問題
Solexa 的放大流程少了微珠及系列選殖的成本，而目前一片晶片設計有八條載體區，每一區上最多可以生成一千萬個叢集，在數量上也量是各系統之冠。
Workflow:
Ref: http://keck.med.yale.edu/microarrays/solexa/technology.html
1.將碎裂後的DNA的片段(～250bp)，兩端接上 adapter
2.調整濃度後，倒在表面接有OLIGO的載體上，DNA片段會隨機的黏附載體上，如果濃度得宜，一條一條的DNA會自然的分散固定在載體上
3.因DNA可以自由彎曲，所以就由固定的一端，四處碰撞直到另一端有黏到週邊的OLIGO上。
4.接下來進行合成，新的DNA會從另一端的OLIGO上合成長出來，而這個新的DNA因為Oligo 的關係，會被固定在載體上
5.Denature 雙股DNA，然後，就由一條變成兩條序列互補的DNA了。
6.幾個循環後，原來單小分子的片段，週圍就會形成一個同一序列，相互分離的叢集，一次解決分子放大及分離的兩個問題
Solexa 的放大流程少了微珠及系列選殖的成本，而目前一片晶片設計有八條載體區，每一區上最多可以生成一千萬個叢集，在數量上也量是各系統之冠。
Workflow:
Ref: http://keck.med.yale.edu/microarrays/solexa/technology.html
訂閱：
文章 (Atom)