[GSEA] 資料格式與使用方法

準備檔案有
(1) Expression Data :  .gct 檔
(2) Gene Sets Database
    產生 Gene Sets Database 檔案 ( gmt or gmx)
    http://www.go2msig.org/cgi-bin/go2msig.cgi
    不同物種可以使用 Appendix A - species contained in the NCBI gene2go table 查詢 taxon ID
(3) Phenotype labels: .cls 檔
(4) Chip platform(s): .chip 檔

Ref:
(1) Data formats
http://www.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Data_formats#CHIP:_Chip_file_format_.28.2A.chip.29
(2) GO2MSIG
http://www.bioinformatics.org/go2msig/

執行:
須注意 Basic fields 內的 metric for ranking genes 的方法:
Signal2Noise: ( μa - μb ) / ( σa + σb )