2011年12月21日 星期三

[R] Array of Affy .cell Parse

library("affy")
Data<-ReadAffy();
eset<-mas5(Data,normalize=T)



if (method=='mas5')
{
if(norm=='F')
{ eset<-mas5(Data,normalize=F) } else { eset<-mas5(Data,normalize=T) }

}
if (method=='rma')
{ eset <-rma(Data) }


chip.names <- rownames( attr(attr(Data,'phenoData'),'data') );
expdata <- exprs(eset);
colnames(expdata) <- chip.names;
write.table(expdata,file="mas5.txt",sep="\t");

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