[Perl] 特殊變數

$_	The default input and pattern-searching space.
$digit	Contains the subpattern from a successful parentheses pattern match.
$.	The current input line number of last filehandle read.
$!	Contains the current value of errno.
$0	The name of the file of the Perl script.
@ARGV	The command line arguments issued when the script was started.
@_	The parameter array for subroutines.
%ENV	This associative array contains your current environment.

$_ 就是「這一個變數」，也是所有迴圈會用到的預設變數。

例如要讓perl 印出1到100：

for(1..100){

print $_;

}

$1..$9 這九個特殊變數就是比對的第n個結果

$! 會顯示錯誤的訊息

ex: open(FILE, "test.txt") or die $!;

結果：

沒有此一檔案或目錄 at ./oparse.pl line 32.

若寫成 open(FILE, "test.txt") or die "$!\n";

結果：

沒有此一檔案或目錄

[Perl] mkdir chdir

my $data = <>;

chomp $data;

@dirname = split(/\.fasta/,$data);

mkdir：建立新的目錄 ex: mkdir($dirname[0],0755) || die "$!\n";

chdir：切換目前工作的目錄 ex: chdir($dirname[0]) || die "$!\n";

rename：幫檔案改名

unlink：就像使用rm一樣，unlink可以刪除系統中的某些檔案

[R] install package

以seqLogo為例

http://bioconductor.org/packages/2.2/bioc/html/seqLogo.html

1, 先下載 .tar.gz檔

2. 就 tar檔丟到指定目錄

3. 於該目錄下 key in : R CMD INSTALL seqLogo_1.6.0.tar.gz

4. 即可安裝

[R]畫Sequence logos for DNA

1, web software: WebLogo: http://weblogo.berkeley.edu/

2, R package: "seqLogo": http://bioconductor.org/packages/2.2/bioc/html/seqLogo.html

ex:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("seqLogo")

library("seqLogo")

mFile <- system.file("Exfiles/pwm1", package="seqLogo")

m <- read.table(mFile)

pwm <- makePWM(m)

seqLogo(pwm)

[CorelDRAW]畫直角三角形

1, 用矩陣(F6)畫一個矩形

2, 將矩形轉化成曲線(ctrl+Q)

3, 選擇矩形上任一角的節點

4, 點右鍵選擇刪除

臨危不亂